物語の舞台は豪華客船・アフロディーテ号。

招待を受けた園子の両親の代わりに、蘭や小五郎、コナン、そして少年探偵団、阿笠博士が同乗します。

航海中のひととき、かくれんぼをしていたところ、園子が何者かに襲われ、霊安室に閉じ込められてしまいます。

そして時を同じくして八代会長が行方不明に……。

大海原の上の密室で何が起こったのかと、その展開に前のめりになってしまいました!無事救出された園子ですが、一方で八代会長は水死体として発見され、警視庁から目暮警部と白鳥警部、高木刑事がヘリでやってきます。

捜査会議に潜入したコナンは、そこで15年前の沈没事故と、客船内で出会った乗客に何かあることに気が付きます。

過去と現在、複雑に絡み合う事件は真相が明らかになるとともに、驚きが止まりません。

そしてクライマックス!犯人の爆破によって沈没しそうなアフロディーテ号と、船内に閉じ込められてしまった蘭。

必死に探すコナンと絶対に新一なら見つけ出してくれると信じる蘭との絆も見どころです。

そしてなんといっても、真犯人と対峙する小五郎がこれまでのどの作品よりもかっこよく、ついつい見惚れてしまいました!哀ちゃんと園子の異色のコンビや、新一と蘭の小学校時代の思い出、探偵団の仲間を思いやる気持ちなど、合間合間で笑いと感動を与えてくれる作品です!