この映画のキーワードは「メモリーズ・エッグ」。

鈴木財閥が発見したロシア最後の王朝、ロマノフ王朝の遺産、数百億円の価値がある「インペリアル・イースター・エッグ」だ。

そのエッグをいただきに参上するという怪盗キッドの予告状が……。

コナン、蘭、小五郎は、エッグが展示される大阪の鈴木近代美術館へ向かい、平次と和葉と合流。

キッドに加え、平次と、なんとも豪華なキャスティング。

一時はキッドに奪われたエッグだが、逃走中に「スコーピオン」に右目を打たれ、キッドは海へ墜落。

エッグを取り戻し、安全な場所へ運ぶため、客船に乗り込んだ一行だったが、そこで殺人事件が起こってします。

スコーピオンが犯人なのか、目的は何なのかと謎探しが始まります。

そしてその客船内で出会った香坂という女性がエッグのカギを握る人物であり、横須賀のお城へ向かうことに。

その城に隠された謎と次々起こる殺人事件に、ハラハラ・ドキドキが止まりません!そしてメモリーズエッグに隠された謎、スコーピオンの衝撃の正体に、衝撃の結末です。

途中、蘭からコナンが新一ではないかと疑われ、盛りだくさんのストーリーです。